La forma en que se han construido los órganos constitucionales autónomos en México tiene una dimensión adicional: han servido como dispositivos recentralizadores y, por ello, tienen un lugar crucial en el federalismo y las relaciones intergubernamentales. Los órganos constitucionales autónomos han ganado en los últimos años competencias para acotar márgenes de acción de las autoridades locales.